Pautan genetik (genetic linkage dalam bahasa Inggris) dalam genetika adalah kecenderungan alel-alel pada dua atau lebih lokus pada satu berkas kromosom yang sama (kromatid) untuk bersegregasi bersama-sama. Pada meiosis, dua berkas kromatid homolog (sister chromatids) akan berpisah sewaktu anafase I. Alel-alel yang terletak pada berkas kromatid yang sama akan sama-sama bersegregasi. Segregasi bersama-sama ini terjadi karena adanya pautan genetik pada alel-alel tersebut.
Pautan genetik pertama kali dikenali dan dijelaskan oleh ahli genetika Inggris William Bateson dan Reginald Punnett, segera setelah penemuan kembali karya-karya Mendel. Pautan genetik dapat dideteksi secara statistik dengan korelasi atau analisis asosiasi antara dua atau lebih sifat yang menjadi ekspresi gen pada lokus-lokus yang terlibat.
Terdapat dua fase yang bisa terjadi antara dua lokus yang berpaut.
• Fase bergandengan (cis atau coupling), apabila dua gen dengan arah pengaruh yang sama (umpamanya dominans) berpautan,
• Fase berseberangan (trans tau repulsion), apabilan dua gen dengan arah pengaruh yang berbeda berpautan.
Apabila A dan B masing-masing menempati lokus berbeda yang berpaut, dan huruf kapital menyatakan arah pengaruh yang berbeda dari huruf kecil, kedua fase itu dapat digambarkan sebagai berikut.
Fase bergandengan: A B Fase berseberangan: A b atau a B
(cis) ———— (trans) ———— ————
———— ———— ————
A B A b a B
Pautan genetik dapat dipatahkan oleh peristiwa pindah silang, yang terjadi pada tahap profase I dalam meiosis. Semakin dekat posisi dua lokus, semakin rendah frekuensi pindah silangnya. Peristiwa pindah silang menjamin terjaganya variasi maksimum pada keturunan yang sebesar-besarnya.
